Yavuz Sultan Selim ile Kanuni Sultan Süleyman dönemlerinde önemli devlet görevlerinde bulunan biridir. Aslen Bosnalı’dır. Yeniçeri Ocağı’nda yetişmiştir. Kaynaklarda ona ait ilk bilgiye göre, 1514 yılında yapılan Çaldıran Savaşı’na katılmıştır. Müteakiben sarayda yetişerek sırasıyla, “Kapıcıbaşı”, “Beylerbeyi”, “Rumeli Beylerbeyliği” görevlerinde bulunmuş, bu makamda iken, sadrazam Pîr Mehmed Paşa’nın isteği ile Sultan Selim tarafından III. Vezirliğe tayin edilmiştir. Kanuni Sultan Süleyman döneminin ilk yıllarında da vezirliğe devam eden Mustafa Paşa, 1521 Belgrad Seferinde, Belgrad’a Tuna yönünden saldıran kuvvetlere komuta etmiştir. 1522’de, serdar olarak donanmanın başında Rodos Seferi’ne çıkan Paşa, kuşatma sırasında ölen Mısır valisi Hayr-Bayın yerine 17 Aralık 1522’de Mısır valiliğine atanmıştır. Mayıs 1523’e kadar, yani 6,5 ay gibi kısa bir süre zarfında, çıkan isyanı bastırdığı için İstanbul’a dönmüş daha doğrusu geri çağrılmıştır. Bu olayı müteakip II. vezirlik görevini sürdürürken Nisan 1529 tarihinde İstanbul’da vefat etmiş, dolayısıyla kendi adına inşa ettirdiği en büyük vakıf eseri Gebze’deki külliyesinin içinde yer alan türbesine gömülmüştür. Yerine ise Kasım Paşa, vezirliğe getirilmiştir.

Tarihimizde “Çoban”, “Gazi”, “Boşnak”, “Damat”, “Mısır’lı Paşa”, “Polak”, “Koca Lala” lakaplarıyla tanınan Mustafa Paşa, bu unvanlarını çeşitli nedenlerden dolayı almıştır. Örneğin; doğduğu bölgeye izafeten “Boşnak”; Saray çevresinden evlenmesinden ötürü “Damat”; 1522’de, Rodos Seferi’ne katıldığından dolayı da “Gazi” unvanlarıyla tanınmaya başlayan Paşa, kısa bir süre de olsa Mısır’da bulunduğundan lakaplarına “Mısırlı Paşa’yı da katmıştır. En yaygın lakabı “Çoban’ın ise hangi olayın gerekçesi olarak takıldığı belli değildir.

Kişiliğine gelince; başarılı bir devlet adamı, iyi bir asker olarak tanınmasının yanı sıra, döneminde saray entrikalarına karışmadığı kabul edilir ve devşirmeler içinde de bağlılığı ile dikkat çeker. Yaygın kabul edilen bir görüşe göre, Yavuz Sultan Selim’in kızlarından biriyle, büyük bir ihtimalle Sultanzade Sultan Hanım Sultan (Şehzade Sultan) ile evlenen Mustafa Paşa, evliliğinin bir uzantısı sonucu II. vezirliğe yükselmiş olmalıdır. Bir bakıma Paşanın, Saray’la olan bağlantısının meslekî kariyerine yansıdığı iddia edilebilir. Çünkü, Saray’a damat olmuş diğer sadrazam ve vezirleri de düşünecek olursak, idarî güçlerini Saray’a dayayan bir grup baninin sonuçta ekonomik güçlerini artırdıkları, bu bağlamda vakıf sistemiyle de ekonomik güçlerini kan bağıyla ailelerine aktardıkları bilinmektedir. Nitekim Mustafa Paşa, vakfiyesine koydurttuğu bir şarta göre, eşi Hanım Hatun’u mütevelli tayin etmektedir.

Çoban Mustafa Paşa’nın Gebze’de cami, han, imaret, hânikâh (tekke), tabhane, paşa odaları, kütüphane, hamam ve türbeden oluşan külliyesinin dışında, banisi olduğu diğer yapıların dökümü şöyledir: Eskişehir’de cami, hânikâh (tekke/medrese), han, imaret ve sıbyan mektebinden oluşan külliye; İstanbul-Rumelihisar, Galata ve Seyidgazi ile Rodos’ta birer sıbyan mektebi, Silistre ve Prevadi’de birer hamam; Edime-Sögütlüdere’de köprü, Edirne’de bir han ile iki hamam Svilengrad’da köprü ile Üsküp’te cami ve imaret.